Vytvoření krabicového grafu s objektem ExpressionSet
Teď, když máš všechna experimentální data sloučena v jednom objektu ExpressionSet, je výběr příznaků a vzorků mnohem pohodlnější. V tomto cvičení opět vytvoříš krabicový graf pro vizualizaci jednoho genu, tentokrát ale také omezíš vzorky zahrnuté do grafu.
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
ExpressionSet eset je načten v tvém pracovním prostoru.
Vyfiltruj z
esetpouze prvních 10 vzorků (sloupců).Vytvoř krabicový graf pro 1000. gen (tj. řádek) v
eset_subpomocí přístupových funkcíexprs,pDataafData.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]
# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)
# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])