Test diferenciální exprese

Teď, když máš definovanou matici designu i matici kontrastů, můžeš otestovat diferenciální expresi způsobenou léčbou doxorubicinem u obou typů myší.

Toto cvičení je součástí kurzu

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

V pracovním prostředí máš načtený objekt ExpressionSet eset s daty o doxorubicinu, matici designu design a matici kontrastů cm. Balíček limma je již načtený.

Pomocí lmFit nafituj koeficienty modelu.
Pomocí contrasts.fit nafituj kontrasty.
Pomocí eBayes vypočítej t-statistiky.
Pomocí decideTests a vennDiagram shrň výsledky.

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

# Create a Venn diagram
___(results)

Upravit a spustit kód