1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

cvičení

Test diferenciální exprese

Teď, když máš definovanou matici designu i matici kontrastů, můžeš otestovat diferenciální expresi způsobenou léčbou doxorubicinem u obou typů myší.

Pokyny

100 XP

V pracovním prostředí máš načtený objekt ExpressionSet eset s daty o doxorubicinu, matici designu design a matici kontrastů cm. Balíček limma je již načtený.

  • Pomocí lmFit nafituj koeficienty modelu.

  • Pomocí contrasts.fit nafituj kontrasty.

  • Pomocí eBayes vypočítej t-statistiky.

  • Pomocí decideTests a vennDiagram shrň výsledky.