Matice kontrastů pro skupinové průměry

Protože používáš parametrizaci skupinových průměrů, přibývá v pipeline limma jeden navíc krok. Koeficienty teď reprezentují průměrnou úroveň exprese pro každou ze dvou skupin vzorků, takže musíš definovat vlastní kontrast pro testování rozdílů mezi progresivní a stabilní leukémií.

Toto cvičení je součástí kurzu

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt eset typu ExpressionSet s daty o leukémii a návrhová matice, kterou sis právě vytvořil/a (design).

Pomocí makeContrasts definuj kontrast status, tedy rozdíl v průměrné úrovni exprese mezi progresivními a stabilními nádory.
Předej návrhovou matici design argumentu levels. To umožní, aby se názvy sloupců matice design (které odpovídají koeficientům) daly použít v definicích kontrastů.

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

Upravit a spustit kód