1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

cvičení

Matice kontrastů pro skupinové průměry

Protože používáš parametrizaci skupinových průměrů, přibývá v pipeline limma jeden navíc krok. Koeficienty teď reprezentují průměrnou úroveň exprese pro každou ze dvou skupin vzorků, takže musíš definovat vlastní kontrast pro testování rozdílů mezi progresivní a stabilní leukémií.

Pokyny

100 XP

Do tvého pracovního prostředí byl načten objekt eset typu ExpressionSet s daty o leukémii a návrhová matice, kterou sis právě vytvořil/a (design).

  • Pomocí makeContrasts definuj kontrast status, tedy rozdíl v průměrné úrovni exprese mezi progresivními a stabilními nádory.

  • Předej návrhovou matici design argumentu levels. To umožní, aby se názvy sloupců matice design (které odpovídají koeficientům) daly použít v definicích kontrastů.