Volcano plot
Teď vizualizuješ míru diferenciální exprese pro každý kontrast pomocí volcano plotu, který na ose y zobrazuje log odds diferenciální exprese a na ose x log fold change.
Toto cvičení je součástí kurzu
Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Pokyny k cvičení
Do tvého pracovního prostoru byl načten objekt fitted modelu fit2. Balíček limma je už načtený.
Z datového rámce
fit2$geneszískej symboly genů (symbol).Vytvoř volcano plot, který zvýrazní 5 nejlepších genů pro každý ze 3 kontrastů.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)