Histogram p-hodnot

Skvělým diagnostickým nástrojem je histogram p-hodnot. Vysoká hustota nízkých p-hodnot naznačuje, že je diferenciálně exprimovaných genů mnoho, zatímco rovnoměrně rozložený histogram signalizuje jejich malý počet. Vytvoř histogram p-hodnot pro studii leukémie.

Toto cvičení je součástí kurzu

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

V pracovním prostředí máš načtený objekt fitovaného modelu fit2 ze studie leukémie z kapitoly 2. Balíček limma je již načtený.

Pomocí topTable získej souhrnné statistiky pro každý gen.
Aby ses dostal/a k výsledkům pro všechny geny, nastav argument number na počet řádků objektu fit2.
Chceš-li vypnout řazení výsledků podle hladiny významnosti, nastav argument sort.by na "none".
Pomocí hist vytvoř histogram p-hodnot.

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)

# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])

Upravit a spustit kód