1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R
Connected

cvičení

Histogram p-hodnot

Skvělým diagnostickým nástrojem je histogram p-hodnot. Vysoká hustota nízkých p-hodnot naznačuje, že je diferenciálně exprimovaných genů mnoho, zatímco rovnoměrně rozložený histogram signalizuje jejich malý počet. Vytvoř histogram p-hodnot pro studii leukémie.

Pokyny

100 XP

V pracovním prostředí máš načtený objekt fitovaného modelu fit2 ze studie leukémie z kapitoly 2. Balíček limma je již načtený.

  • Pomocí topTable získej souhrnné statistiky pro každý gen.

  • Aby ses dostal/a k výsledkům pro všechny geny, nastav argument number na počet řádků objektu fit2.

  • Chceš-li vypnout řazení výsledků podle hladiny významnosti, nastav argument sort.by na "none".

  • Pomocí hist vytvoř histogram p-hodnot.