Test diferenciální exprese pro faktoriální design 2x2

I když máš tentokrát více kontrastů než v předchozích příkladech, testování diferenciální exprese pomocí limma využívá stále stejný postup.

Toto cvičení je součástí kurzu

Analýza diferenciální exprese pomocí limma v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

V pracovním prostředí máš načtený objekt ExpressionSet eset s daty Populus, matici designu (design) a matici kontrastů (cm).

Odhadni koeficienty modelu pomocí lmFit.
Přizpůsob kontrasty pomocí contrasts.fit.
Vypočítej t-statistiky pomocí eBayes.
Shrň výsledky pomocí decideTests.

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

Upravit a spustit kód