Biểu đồ núi lửa (Volcano plot)
Tiếp theo, bạn sẽ tạo một biểu đồ núi lửa để trực quan hóa mức độ biểu hiện khác biệt trong nghiên cứu bệnh bạch cầu, trong đó trục y hiển thị log odds của biểu hiện khác biệt so với log fold change trên trục x.
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng mô hình đã fit của nghiên cứu bệnh bạch cầu từ Chương 2, fit2, đã được nạp vào môi trường làm việc của bạn. Gói limma đã được nạp sẵn.
Tạo một biểu đồ núi lửa và làm nổi bật 5 gene hàng đầu.
Gán nhãn 5 gene hàng đầu bằng ký hiệu gene của chúng bằng cách truyền cột
symbolcủa data framefit2$genesvào đối sốnames.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)