1. Học hỏi
  2. /
  3. Khoa Học
  4. /
  5. Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Connected

Bài tập

Biểu đồ núi lửa (Volcano plot)

Tiếp theo, bạn sẽ tạo một biểu đồ núi lửa để trực quan hóa mức độ biểu hiện khác biệt trong nghiên cứu bệnh bạch cầu, trong đó trục y hiển thị log odds của biểu hiện khác biệt so với log fold change trên trục x.

Hướng dẫn

100 XP

Đối tượng mô hình đã fit của nghiên cứu bệnh bạch cầu từ Chương 2, fit2, đã được nạp vào môi trường làm việc của bạn. Gói limma đã được nạp sẵn.

  • Tạo một biểu đồ núi lửa và làm nổi bật 5 gene hàng đầu.

  • Gán nhãn 5 gene hàng đầu bằng ký hiệu gene của chúng bằng cách truyền cột symbol của data frame fit2$genes vào đối số names.