Ma trận thiết kế cho thí nghiệm nhân tố 2x2
Trong thí nghiệm nhân tố 2x2 nhằm khảo sát ảnh hưởng của hạn hán đến sinh trưởng của cây, hai kiểu cây Populus khác nhau được trồng với hai mức nước khác nhau. Để có một hệ số mô hình cho mỗi nhóm, trước tiên bạn cần kết hợp hai biến này lại.
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng ExpressionSet eset chứa dữ liệu Populus đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.
Kết hợp biến
type(kiểu cây) vàwater(bình thường so với hạn hán) thành một biến nhân tố đơn.Dùng
model.matrixđể tạo ma trận thiết kế không có hệ số chặn (no intercept).
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)