Kiểm định biểu hiện khác biệt cho thiết kế nhân tố 2x2
Dù bạn có nhiều tương phản hơn so với các ví dụ trước, việc kiểm định biểu hiện khác biệt với limma vẫn dùng cùng một quy trình.
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng ExpressionSet eset với dữ liệu Populus, ma trận thiết kế (design), và ma trận tương phản (cm) đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.
Khớp hệ số mô hình với
lmFit.Khớp các tương phản với
contrasts.fit.Tính thống kê t với
eBayes.Tóm tắt kết quả với
decideTests.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)