Biểu đồ tần suất của p-value
Một biểu đồ chẩn đoán hữu ích là histogram của các p-value. Mật độ lớn ở vùng p-value thấp cho thấy có nhiều gene biểu hiện sai khác; trong khi đó, histogram phân bố đều cho thấy có rất ít. Hãy tạo biểu đồ tần suất p-value cho nghiên cứu bệnh bạch cầu (leukemia).
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng mô hình đã ước lượng của nghiên cứu bệnh bạch cầu từ Chương 2, fit2, đã được nạp vào không gian làm việc của bạn. Gói limma đã được nạp sẵn.
Dùng
topTableđể lấy thống kê tóm tắt cho từng gene.Để lấy kết quả cho mọi gene, đặt đối số
numberbằng số hàng củafit2.Để tắt sắp xếp kết quả theo mức ý nghĩa, đặt đối số
sort.bylà"none".Dùng
histđể tạo histogram của các p-value.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)
# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])