1. Learn
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Connected

Exercise

Biểu đồ tần suất của p-value

Một biểu đồ chẩn đoán hữu ích là histogram của các p-value. Mật độ lớn ở vùng p-value thấp cho thấy có nhiều gene biểu hiện sai khác; trong khi đó, histogram phân bố đều cho thấy có rất ít. Hãy tạo biểu đồ tần suất p-value cho nghiên cứu bệnh bạch cầu (leukemia).

Instructions

100 XP

Đối tượng mô hình đã ước lượng của nghiên cứu bệnh bạch cầu từ Chương 2, fit2, đã được nạp vào không gian làm việc của bạn. Gói limma đã được nạp sẵn.

  • Dùng topTable để lấy thống kê tóm tắt cho từng gene.

  • Để lấy kết quả cho mọi gene, đặt đối số number bằng số hàng của fit2.

  • Để tắt sắp xếp kết quả theo mức ý nghĩa, đặt đối số sort.by là "none".

  • Dùng hist để tạo histogram của các p-value.