Tạo một đối tượng ExpressionSet
Việc quản lý 3 bộ dữ liệu khác nhau cho một thí nghiệm vừa tốn công vừa dễ sai, đặc biệt khi bạn cần lọc dữ liệu. Hãy kết hợp 3 bộ dữ liệu từ thí nghiệm bệnh bạch cầu thành một đối tượng thống nhất bằng cách dùng lớp ExpressionSet của Bioconductor.
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Ma trận biểu hiện (x), dữ liệu đặc trưng (f), và dữ liệu kiểu hình (p) đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.
Tạo một đối tượng ExpressionSet mới bằng hàm
ExpressionSet.Truyền ma trận biểu hiện vào đối số
assayData.Truyền data frame kiểu hình vào đối số
phenoData.Truyền data frame đặc trưng vào đối số
featureData.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Load package
library(Biobase)
# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
featureData = AnnotatedDataFrame(___))
# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)