Ma trận tương phản

Để kiểm định tác động của doxorubicin lên tim của chuột hoang dại và chuột mất gen Top2b (và mọi tương tác giữa xử lý và kiểu gen), bạn cần đối chiếu các hệ số từ ma trận thiết kế.

Bài tập này là một phần của khóa học

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Xem khóa học

Hướng dẫn bài tập

Đối tượng eset kiểu ExpressionSet chứa dữ liệu doxorubicin và ma trận thiết kế design đã được nạp vào không gian làm việc của bạn. Gói limma cũng đã được nạp.

Tạo dox_wt để kiểm định tác động của doxorubicin ở chuột hoang dại (wild type).
Tạo dox_top2b để kiểm định tác động của doxorubicin ở chuột mất gen Top2b (Top2b null).
Tạo một hạng tương tác để kiểm định sự khác biệt trong đáp ứng với doxorubicin giữa hai loại chuột (gợi ý: lấy tương phản giữa dox_top2b và dox_wt).

Bài tập tương tác thực hành trực tiếp

Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Chỉnh sửa và Chạy Mã