1. Învăţa
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Connected

exercise

Lọc gene

Giờ đây dữ liệu đã được biến đổi log và chuẩn hóa theo bách phân vị, bạn cần loại bỏ các gene biểu hiện thấp không liên quan đến hệ thống đang nghiên cứu.

Instrucţiuni

100 XP

Đối tượng ExpressionSet eset_norm với dữ liệu Populus đã được chuẩn hóa đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.

  • Dùng plotDensities để trực quan hóa phân phối mức độ biểu hiện gene cho từng mẫu. Tắt chú giải (legend).

  • Dùng rowMeans để xác định các gene có mức biểu hiện trung bình lớn hơn 5. Đặt tên vector logic này là keep.

  • Lọc các gene (tức là các hàng) của đối tượng ExpressionSet bằng vector logic keep và trực quan hóa lại.