Các hạng mục gene ontology
Trong bài trước, bạn đã kiểm định làm giàu các con đường sinh học (biological pathways). Giờ bạn sẽ kiểm định mức độ làm giàu trong các tập gene được biết là ảnh hưởng đến cùng một quá trình sinh học, gọi là các hạng mục gene ontology (GO). Những hạng mục GO nào được biểu diễn quá mức (over-represented) trong các gene biểu hiện khác biệt từ nghiên cứu bệnh bạch cầu?
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng mô hình đã fit của nghiên cứu bệnh bạch cầu từ Chương 2, fit2, đã được nạp vào không gian làm việc của bạn. Gói limma đã được nạp sẵn.
Trích xuất các Entrez Gene ID từ data frame
fit2$genes.Kiểm định các hạng mục GO được làm giàu bằng
goana. Đặt species là"Hs"cho Homo sapiens.Xem 20 hạng mục GO làm giàu hàng đầu bằng
topGO. Đặt đối sốontologylà"BP"để trả về Biological Processes.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)
# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)