1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Connected

Bài tập

Các hạng mục gene ontology

Trong bài trước, bạn đã kiểm định làm giàu các con đường sinh học (biological pathways). Giờ bạn sẽ kiểm định mức độ làm giàu trong các tập gene được biết là ảnh hưởng đến cùng một quá trình sinh học, gọi là các hạng mục gene ontology (GO). Những hạng mục GO nào được biểu diễn quá mức (over-represented) trong các gene biểu hiện khác biệt từ nghiên cứu bệnh bạch cầu?

Hướng dẫn

100 XP

Đối tượng mô hình đã fit của nghiên cứu bệnh bạch cầu từ Chương 2, fit2, đã được nạp vào không gian làm việc của bạn. Gói limma đã được nạp sẵn.

  • Trích xuất các Entrez Gene ID từ data frame fit2$genes.

  • Kiểm định các hạng mục GO được làm giàu bằng goana. Đặt species là "Hs" cho Homo sapiens.

  • Xem 20 hạng mục GO làm giàu hàng đầu bằng topGO. Đặt đối số ontology là "BP" để trả về Biological Processes.