Chỉ định mô hình tuyến tính để so sánh 2 nhóm
Để xác định các gene biểu hiện khác biệt cho thí nghiệm bạch cầu, bạn cần chuyển mô hình tuyến tính sau sang R:
trong đó \(X_{1}\) bằng 1 cho ung thư tiến triển và bằng 0 cho ung thư ổn định (lưu ý: R tự động chọn điều kiện cơ sở theo thứ tự bảng chữ cái).
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng ExpressionSet eset với dữ liệu bạch cầu đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.
- Dùng
model.matrixđể xây dựng ma trận thiết kế với một hệ số chặn (intercept) và một hệ số cho biết tình trạng bệnh.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)