Kiểm định biểu hiện khác biệt cho 3 nhóm
Giờ bạn đã chỉ định ma trận thiết kế và ma trận tương phản, bạn có thể kiểm định biểu hiện khác biệt.
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng ExpressionSet eset với dữ liệu thiếu oxy (hypoxia), ma trận thiết kế (design), và ma trận tương phản (cm) đã được nạp vào workspace của bạn.
Khớp các hệ số mô hình với
lmFit.Khớp các tương phản với
contrasts.fit.Tính các thống kê t với
eBayes.Tóm tắt kết quả với
decideTests.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)