Kiểm định biểu hiện khác biệt giữa 2 nhóm
Giờ bạn đã có một đối tượng ExpressionSet và ma trận thiết kế, bạn có thể ước lượng và kiểm định mô hình với limma.
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng ExpressionSet eset chứa dữ liệu bệnh bạch cầu và ma trận thiết kế bạn vừa tạo (design) đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.
Khớp (fit) các hệ số mô hình với
lmFit.Tính thống kê t bằng
eBayes.Tóm tắt kết quả với
decideTests.Vì không có ý nghĩa khi kiểm định hằng số chặn (intercept), hãy chỉ định hệ số
"Diseasestable"khi chạydecideTests.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)
# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)