Loại bỏ hiệu ứng batch
Trong bài trước, bạn đã cho thấy hiệu ứng batch tác động đến biến thiên lớn hơn so với hiệu ứng xử lý (treatment). May mắn là nghiên cứu tế bào gốc khứu giác được cân bằng hoàn hảo, tức là mỗi xử lý đều có mặt trong cả 4 batch. Vì vậy, bạn có thể loại bỏ phần biến thiên do quá trình xử lý theo batch gây ra để tăng tỷ lệ tín hiệu so với nhiễu.
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng ExpressionSet eset với dữ liệu tế bào gốc khứu giác đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.
- Dùng
removeBatchEffectđể loại bỏ hiệu ứng của 4 batch khỏi dữ liệu. - Dùng
plotMDSđể vẽ các thành phần chính. Gắn nhãn mẫu theo xử lý (treatment) mà chúng nhận. - Vẽ lại các thành phần chính, lần này gắn nhãn mẫu theo batch của chúng.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Load package
library(limma)
# Remove the batch effect
exprs(eset) <- ___(eset, batch = ___)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)