1. Học hỏi
  2. /
  3. Khoa Học
  4. /
  5. Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Connected

Bài tập

Loại bỏ hiệu ứng batch

Trong bài trước, bạn đã cho thấy hiệu ứng batch tác động đến biến thiên lớn hơn so với hiệu ứng xử lý (treatment). May mắn là nghiên cứu tế bào gốc khứu giác được cân bằng hoàn hảo, tức là mỗi xử lý đều có mặt trong cả 4 batch. Vì vậy, bạn có thể loại bỏ phần biến thiên do quá trình xử lý theo batch gây ra để tăng tỷ lệ tín hiệu so với nhiễu.

Hướng dẫn

100 XP

Đối tượng ExpressionSet eset với dữ liệu tế bào gốc khứu giác đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.

  • Dùng removeBatchEffect để loại bỏ hiệu ứng của 4 batch khỏi dữ liệu.
  • Dùng plotMDS để vẽ các thành phần chính. Gắn nhãn mẫu theo xử lý (treatment) mà chúng nhận.
  • Vẽ lại các thành phần chính, lần này gắn nhãn mẫu theo batch của chúng.