Biểu đồ hộp của Top2b
Tiếp theo là một bước kiểm tra hợp lý: vẽ biểu đồ hộp cho mức biểu hiện của Top2b để xác nhận chuột null có mức biểu hiện Top2b thấp hơn.
Hãy nhớ rằng bạn đã tạo một biểu đồ hộp tương tự ở Chương 1 Bài tập 4.
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng ExpressionSet eset với dữ liệu doxorubicin đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.
Tìm hàng chứa dữ liệu Top2b bằng cách tìm trong cột dữ liệu đặc trưng
"symbol"cho"Top2b".Tạo biểu đồ hộp bằng cú pháp công thức. Mức biểu hiện nên đặt ở bên trái dấu
~, và biến kiểu gen ở bên phải.Truyền hàng của data frame đặc trưng vào
mainđể đặt tiêu đề cho biểu đồ.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")
# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
main = ___(eset)[top2b, ])