Ma trận thiết kế cho 3 nhóm
Trong thí nghiệm thiếu oxy (hypoxia), các tế bào gốc được phơi nhiễm với 3 mức oxy khác nhau: 1%, 5% và 21%. Để so sánh chức năng tế bào trong 3 môi trường này, hãy dùng tham số hóa theo trung bình nhóm (group-means parametrization) để chỉ định một mô hình tuyến tính có một hệ số cho mỗi mức oxy.
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng ExpressionSet eset chứa dữ liệu hypoxia đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.
- Dùng
model.matrixđể tạo một ma trận thiết kế không có hệ số chặn. Nhớ rằng biến quan tâm cho nghiên cứu này (3 mức oxy) nằm ở cộtoxygencủa khung dữ liệu kiểu hình (phenotype data frame).
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)