1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Connected

Bài tập

Tiền xử lý các đặc trưng

Trong bài tập video, bạn thấy rằng phân phối mẫu cho nghiên cứu doxorubicin bị lệch phải rất mạnh. Vì vậy, bước đầu tiên bạn cần làm là tiền xử lý các đặc trưng: biến đổi log, chuẩn hóa và lọc.

Hướng dẫn

100 XP

Đối tượng ExpressionSet eset_raw với dữ liệu thô đã được nạp vào không gian làm việc của bạn. Gói limma đã được nạp.

  • Biến đổi log các phép đo. Dùng plotDensities để trực quan hóa. Gắn nhãn các mẫu theo kiểu gen của chúng.

  • Chuẩn hóa theo bách phân vị các phép đo bằng normalizeBetweenArrays và trực quan hóa lại.

  • Dùng rowMeans để xác định các gene có mức biểu hiện trung bình lớn hơn 0.

  • Lọc các gene (tức là các hàng) bằng vector logic keep và trực quan hóa lại.