Ma trận thiết kế
Thí nghiệm doxorubicin là một thiết kế nhân tố 2x2, nên bạn sẽ cần tạo một biến kết hợp để dùng trong tham số hóa theo trung bình nhóm.
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng ExpressionSet eset chứa dữ liệu doxorubicin đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.
Kết hợp các biến
genotype(WT so với Top2b null) vàtreatment(PBS so với Dox) thành một biến factor duy nhất.Dùng
model.matrixđể tạo một ma trận thiết kế không có hệ số chặn (no intercept).
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)