Kiểm định biểu hiện sai khác cho mô hình trung bình theo nhóm
Bây giờ khi bạn đã chỉ định ma trận thiết kế và ma trận đối sánh (contrasts), bạn có thể kiểm định biểu hiện sai khác.
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng ExpressionSet eset với dữ liệu bệnh bạch cầu, ma trận thiết kế (design), và ma trận đối sánh (cm) đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.
Khớp các hệ số mô hình với
lmFit.Khớp các đối sánh với
contrasts.fit.Tính các thống kê t với
eBayes.Tóm tắt kết quả với
decideTests. Bạn không cần lấy tập confit2như khi tham số hóa bằng treatment-contrasts vì không có hạng chặn (intercept) trong mô hình trung bình theo nhóm.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)