1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Connected

Bài tập

Kiểm định biểu hiện sai khác cho mô hình trung bình theo nhóm

Bây giờ khi bạn đã chỉ định ma trận thiết kế và ma trận đối sánh (contrasts), bạn có thể kiểm định biểu hiện sai khác.

Hướng dẫn

100 XP

Đối tượng ExpressionSet eset với dữ liệu bệnh bạch cầu, ma trận thiết kế (design), và ma trận đối sánh (cm) đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.

  • Khớp các hệ số mô hình với lmFit.

  • Khớp các đối sánh với contrasts.fit.

  • Tính các thống kê t với eBayes.

  • Tóm tắt kết quả với decideTests. Bạn không cần lấy tập con fit2 như khi tham số hóa bằng treatment-contrasts vì không có hạng chặn (intercept) trong mô hình trung bình theo nhóm.