Các con đường KEGG
Để hỗ trợ diễn giải kết quả biểu hiện khác biệt, một kỹ thuật phổ biến là kiểm định làm giàu trong các tập gen đã biết. Cơ sở dữ liệu KEGG chứa các tập gen được tuyển chọn, được biết là tương tác trong cùng một con đường sinh học. Những con đường KEGG nào được biểu diễn quá mức trong các gen biểu hiện khác biệt từ nghiên cứu bệnh bạch cầu?
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng mô hình đã khớp của nghiên cứu bệnh bạch cầu từ Chương 2, fit2, đã được nạp vào không gian làm việc của bạn. Gói limma đã được nạp sẵn.
Trích xuất các entrez Gene ID từ data frame
fit2$genes.Kiểm định các con đường KEGG được làm giàu bằng
kegga. Đặt species là"Hs"cho Homo sapiens.Xem 20 con đường KEGG được làm giàu hàng đầu bằng
topKEGG.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)