1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Connected

Bài tập

Các con đường KEGG

Để hỗ trợ diễn giải kết quả biểu hiện khác biệt, một kỹ thuật phổ biến là kiểm định làm giàu trong các tập gen đã biết. Cơ sở dữ liệu KEGG chứa các tập gen được tuyển chọn, được biết là tương tác trong cùng một con đường sinh học. Những con đường KEGG nào được biểu diễn quá mức trong các gen biểu hiện khác biệt từ nghiên cứu bệnh bạch cầu?

Hướng dẫn

100 XP

Đối tượng mô hình đã khớp của nghiên cứu bệnh bạch cầu từ Chương 2, fit2, đã được nạp vào không gian làm việc của bạn. Gói limma đã được nạp sẵn.

  • Trích xuất các entrez Gene ID từ data frame fit2$genes.

  • Kiểm định các con đường KEGG được làm giàu bằng kegga. Đặt species là "Hs" cho Homo sapiens.

  • Xem 20 con đường KEGG được làm giàu hàng đầu bằng topKEGG.