Biểu đồ tần suất (histogram) của p-value

Sau khi thực hiện phép kiểm định, hãy xác nhận rằng mô hình đã được chỉ định đúng bằng cách kiểm tra phân phối p-value cho từng đối chiếu (contrast). Nhớ rằng: với một đối chiếu có ít gene biểu hiện khác biệt, p-value được kỳ vọng phân phối đều (uniform); còn với một đối chiếu có nhiều gene biểu hiện khác biệt, phân phối sẽ lệch phải.

Bài tập này là một phần của khóa học

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Xem khóa học

Hướng dẫn bài tập

Đối tượng mô hình đã fit fit2 đã được nạp sẵn vào không gian làm việc của bạn. Gói limma cũng đã được nạp.

Dùng topTable để lấy thống kê tóm tắt cho mọi gene đối với đối chiếu "dox_wt". Đặt số lượng gene cần trả về bằng với số hàng của fit2.
Lặp lại cho các đối chiếu "dox_top2b" và "interaction".
Dùng hist để vẽ biểu đồ tần suất của p-value cho từng trong ba đối chiếu.

Bài tập tương tác thực hành trực tiếp

Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.

# Obtain the summary statistics for the contrast dox_wt
stats_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                         sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast dox_top2b
stats_dox_top2b <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                            sort.by = "none")
# Obtain the summary statistics for the contrast interaction
stats_interaction <- ___(fit2, coef = ___, number = ___,
                              sort.by = "none")

# Create histograms of the p-values for each contrast
___(stats_dox_wt[___])
___(stats_dox_top2b[___])
___(stats_interaction[___])

Chỉnh sửa và Chạy Mã