Ma trận thiết kế cho mô hình trung bình theo nhóm
Ở chương trước, bạn đã kiểm định biểu hiện khác biệt trên dữ liệu bệnh bạch cầu bằng cách tham số hóa theo đối sánh điều trị truyền thống. Là bước đầu để học cách tham số hóa linh hoạt hơn theo trung bình nhóm, bạn sẽ kiểm định lại dữ liệu bệnh bạch cầu để xác nhận rằng bạn thu được cùng kết quả.
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng ExpressionSet eset chứa dữ liệu bệnh bạch cầu đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.
- Dùng
model.matrixđể tạo ma trận thiết kế không có hằng số chặn. Nhớ rằng biến quan tâm của nghiên cứu này (ung thư tiến triển so với ổn định) nằm trong cộtDiseasecủa khung dữ liệu kiểu hình (phenotype data frame).
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)