1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Connected

Bài tập

Làm giàu con đường sinh học (Pathway enrichment)

Để hiểu rõ hơn tác động của các gene biểu hiện khác biệt trong nghiên cứu doxorubicin, bạn sẽ kiểm tra mức độ làm giàu của các con đường sinh học đã biết được tuyển chọn trong cơ sở dữ liệu KEGG. Những con đường KEGG nào được đại diện quá mức (over-represented) trong tập gene biểu hiện khác biệt cho các tương phản "dox_wt" và "interaction"?

Hướng dẫn

100 XP

Đối tượng mô hình đã khớp fit2 đã được nạp vào không gian làm việc của bạn. Gói limma cũng đã được nạp.

  • Trích xuất entrez Gene ID từ data frame fit2$genes.

  • Kiểm tra các con đường KEGG được làm giàu bằng kegga cho tương phản "dox_wt". Đặt species là "Mm" cho Mus musculus.

  • Xem 5 con đường KEGG làm giàu hàng đầu bằng topKEGG.

  • Lặp lại bước làm giàu con đường cho tương phản "interaction".