Làm giàu con đường sinh học (Pathway enrichment)
Để hiểu rõ hơn tác động của các gene biểu hiện khác biệt trong nghiên cứu doxorubicin, bạn sẽ kiểm tra mức độ làm giàu của các con đường sinh học đã biết được tuyển chọn trong cơ sở dữ liệu KEGG. Những con đường KEGG nào được đại diện quá mức (over-represented) trong tập gene biểu hiện khác biệt cho các tương phản "dox_wt" và "interaction"?
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng mô hình đã khớp fit2 đã được nạp vào không gian làm việc của bạn. Gói limma cũng đã được nạp.
Trích xuất entrez Gene ID từ data frame
fit2$genes.Kiểm tra các con đường KEGG được làm giàu bằng
keggacho tương phản"dox_wt". Đặt species là"Mm"cho Mus musculus.Xem 5 con đường KEGG làm giàu hàng đầu bằng
topKEGG.Lặp lại bước làm giàu con đường cho tương phản
"interaction".
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)