Tạo boxplot với một đối tượng ExpressionSet
Giờ bạn đã gộp tất cả dữ liệu thí nghiệm vào một đối tượng ExpressionSet, việc lấy tập con theo đặc trưng và mẫu sẽ tiện hơn nhiều. Trong bài này, bạn sẽ tiếp tục tạo một boxplot để trực quan hóa một gene, nhưng lần này cũng sẽ lấy tập con các mẫu được đưa vào biểu đồ.
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng ExpressionSet eset đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.
Lấy tập con
esetchỉ gồm 10 mẫu (các cột) đầu tiên.Tạo boxplot của gene thứ 1000 (tức hàng) trong
eset_subbằng các hàm truy cậpexprs,pData, vàfData.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]
# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)
# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])