Ma trận tương phản cho trung bình theo nhóm

Vì bạn đang dùng tham số hóa theo trung bình nhóm (group-means), nên giờ có thêm một bước trong quy trình limma. Các hệ số hiện đại diện cho mức biểu hiện trung bình của từng nhóm mẫu trong hai nhóm, vì vậy bạn cần chỉ định một tương phản tùy chỉnh để kiểm định sự khác biệt giữa bệnh bạch cầu tiến triển và ổn định.

Bài tập này là một phần của khóa học

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Xem khóa học

Hướng dẫn bài tập

Đối tượng ExpressionSet eset với dữ liệu bạch cầu và ma trận thiết kế bạn vừa tạo (design) đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.

Dùng makeContrasts để định nghĩa tương phản status, là chênh lệch mức biểu hiện trung bình giữa ung thư tiến triển và ổn định.
Truyền ma trận thiết kế design vào đối số levels. Việc này cho phép tên cột của design (tương ứng với các hệ số) được sử dụng trong phần định nghĩa các tương phản.

Bài tập tương tác thực hành trực tiếp

Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

Chỉnh sửa và Chạy Mã