Ma trận tương phản cho thiết kế nhân tố 2x2

Có rất nhiều tương phản cần tạo trong một thiết kế nhân tố 2x2. Bạn cần kiểm định sự khác biệt về loại cây trong từng điều kiện nước, sự khác biệt về đáp ứng với hạn hán của từng loại cây, và sự khác biệt về đáp ứng với hạn hán giữa hai loại cây (thường được gọi là hiệu ứng tương tác).

Bài tập này là một phần của khóa học

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Xem khóa học

Hướng dẫn bài tập

Đối tượng ExpressionSet eset với dữ liệu Populus và ma trận thiết kế bạn vừa tạo (design) đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.

Tạo type_drought để kiểm định ảnh hưởng của loại cây (NM6 so với DN34) trong điều kiện hạn hán.
Tạo water_dn34 để kiểm định ảnh hưởng của hạn hán trên cây DN34.
Tạo một hạng tử tương tác để kiểm định sự khác biệt trong đáp ứng với hạn hán giữa hai loại cây (gợi ý: tương phản water_nm6 và water_dn34).

Bài tập tương tác thực hành trực tiếp

Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Chỉnh sửa và Chạy Mã