1. Learn
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Connected

Exercise

Chuẩn hóa

Dữ liệu biểu hiện gene thô thường rất lộn xộn, nhất là vì nhiều gene sẽ không liên quan đến hệ bạn đang nghiên cứu. Sau khi nhận một bộ dữ liệu mới, bước đầu tiên là trực quan hóa dữ liệu và thực hiện các bước tiền xử lý cần thiết.

Instructions

100 XP

Đối tượng ExpressionSet eset_raw với dữ liệu Populus thô đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.

  • Dùng plotDensities để trực quan hóa phân phối mức biểu hiện gene cho từng mẫu. Tắt chú giải.

  • Biến đổi log các phép đo và trực quan hóa lại.

  • Chuẩn hóa theo bách phân vị các phép đo bằng normalizeBetweenArrays và trực quan hóa lại.