Biểu đồ volcano
Bây giờ bạn sẽ trực quan hóa mức độ khác biệt biểu hiện cho từng contrast bằng biểu đồ volcano, biểu diễn log odds của khác biệt biểu hiện trên trục tung so với log fold change trên trục hoành.
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng mô hình đã fit fit2 đã được nạp vào không gian làm việc của bạn. Gói limma đã được nạp sẵn.
Truy cập gene symbol (
symbol) từ data framefit2$genes.Tạo một biểu đồ volcano làm nổi bật 5 gene đứng đầu cho mỗi trong số 3 contrast.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)