1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Connected

Bài tập

Biểu đồ volcano

Bây giờ bạn sẽ trực quan hóa mức độ khác biệt biểu hiện cho từng contrast bằng biểu đồ volcano, biểu diễn log odds của khác biệt biểu hiện trên trục tung so với log fold change trên trục hoành.

Hướng dẫn

100 XP

Đối tượng mô hình đã fit fit2 đã được nạp vào không gian làm việc của bạn. Gói limma đã được nạp sẵn.

  • Truy cập gene symbol (symbol) từ data frame fit2$genes.

  • Tạo một biểu đồ volcano làm nổi bật 5 gene đứng đầu cho mỗi trong số 3 contrast.