Ma trận tương phản cho 3 nhóm

Để xác định các gene biểu hiện khác biệt giữa từng cặp trong 3 mức oxy, bạn cần định nghĩa 3 tương phản cặp đôi.

Bài tập này là một phần của khóa học

Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R

Hướng dẫn bài tập

Đối tượng ExpressionSet eset với dữ liệu thiếu oxy và ma trận thiết kế (design) bạn vừa tạo đã được nạp vào không gian làm việc của bạn.

Dùng makeContrasts để định nghĩa 3 tương phản cặp đôi. Hãy nhớ sử dụng tên cột từ ma trận thiết kế mà không đặt trong dấu ngoặc kép.

Bài tập tương tác thực hành trực tiếp

Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox05 = ___ - ___,
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Chỉnh sửa và Chạy Mã