Kiểm tra các nguồn biến thiên
Tiếp theo, bạn cần dùng phân tích thành phần chính để kiểm tra các nguồn biến thiên trong dữ liệu. Các mẫu có gom cụm theo kiểu gen của chúng (WT so với Top2b null) và theo xử lý (PBS so với Dox) không?
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng ExpressionSet eset với dữ liệu doxorubicin đã được nạp vào không gian làm việc của bạn. Gói limma đã được nạp sẵn.
Dùng
plotMDSđể vẽ các thành phần chính. Gắn nhãn các mẫu theo kiểu gen của chúng.Vẽ lại các thành phần chính, lần này gắn nhãn các mẫu theo phương pháp xử lý.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")