Kiểm định biểu hiện khác biệt
Giờ bạn đã xác định được ma trận thiết kế và ma trận tương phản, bạn có thể kiểm định biểu hiện khác biệt do điều trị doxorubicin ở hai loại chuột.
Bài tập này là một phần của khóa học
Phân tích Biểu hiện khác biệt với limma trong R
Hướng dẫn bài tập
Đối tượng ExpressionSet eset chứa dữ liệu doxorubicin, ma trận thiết kế design, và ma trận tương phản cm đã được nạp vào không gian làm việc của bạn. Gói limma đã được nạp sẵn.
Khớp các hệ số mô hình bằng
lmFit.Khớp các tương phản bằng
contrasts.fit.Tính các thống kê t bằng
eBayes.Tóm tắt kết quả bằng
decideTestsvàvennDiagram.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)
# Create a Venn diagram
___(results)