볼케이노 플롯
다음으로, 백혈병 연구에서 차등 발현의 정도를 시각화하기 위해 볼케이노 플롯을 만들어 볼 거예요. 이 플롯은 y축에 차등 발현의 로그 오즈, x축에 로그 폴드 변화를 표시합니다.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
연습 안내
2장 백혈병 연구의 적합된 모형 객체 fit2가 작업 공간에 로드되어 있습니다. limma 패키지도 이미 로드되어 있어요.
상위 5개 유전자를 강조하는 볼케이노 플롯을 만드세요.
데이터 프레임
fit2$genes의symbol열을names인수에 전달해, 상위 5개 유전자를 해당 유전자 기호로 라벨링하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)