배치 효과 시각화
후각 줄기세포 실험에서는 7개의 처리가 각각 4회씩 반복되어 총 28개의 샘플이 있습니다. 하지만 이 28개 샘플은 4개의 개별 배치에서 처리되었어요. 처치 효과는 생물학적으로 중요하지만, 배치 효과는 기술적 잡음입니다. 차원 축소를 사용해 두 효과 중 어느 쪽이 유전자 발현 데이터에 더 큰 영향을 미쳤는지 판단하세요.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
연습 안내
후각 줄기세포 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset이 워크스페이스에 로드되어 있습니다.
plotMDS로 주성분을 시각화하세요. 샘플 레이블은 받은 처치로 표시하고,gene.selection은"common"으로 설정하세요.샘플 레이블을 배치로 바꿔 주성분을 다시 시각화하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Load package
library(limma)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")