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  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
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연습 문제

배치 효과 시각화

후각 줄기세포 실험에서는 7개의 처리가 각각 4회씩 반복되어 총 28개의 샘플이 있습니다. 하지만 이 28개 샘플은 4개의 개별 배치에서 처리되었어요. 처치 효과는 생물학적으로 중요하지만, 배치 효과는 기술적 잡음입니다. 차원 축소를 사용해 두 효과 중 어느 쪽이 유전자 발현 데이터에 더 큰 영향을 미쳤는지 판단하세요.

지침

100 XP

후각 줄기세포 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset이 워크스페이스에 로드되어 있습니다.

  • plotMDS로 주성분을 시각화하세요. 샘플 레이블은 받은 처치로 표시하고, gene.selection은 "common"으로 설정하세요.

  • 샘플 레이블을 배치로 바꿔 주성분을 다시 시각화하세요.