Top2b의 상자 그림
다음은 점검 단계예요. Top2b의 발현 수준으로 상자 그림을 만들어, null 생쥐에서 Top2b 발현이 더 낮은지 확인하세요.
1장 연습 문제 4에서 비슷한 상자 그림을 만든 것을 떠올려 보세요.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
연습 안내
도소루비신 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset이 작업 공간에 로드되어 있어요.
feature 데이터의
"symbol"열에서"Top2b"를 검색해 Top2b 데이터가 있는 행을 찾으세요.수식(formula) 문법을 사용해 상자 그림을 만드세요. 발현 수준은
~의 왼쪽에, 유전형(genotype) 변수는 오른쪽에 두세요.플롯 제목을 위해 해당 feature 데이터 프레임의 행을
main에 전달하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")
# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
main = ___(eset)[top2b, ])