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  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
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연습 문제

대비(contrasts) 행렬

야생형과 Top2b 결손 생쥐의 심장에서 도옥소루비신(doxorubicin)의 효과(그리고 처리와 유전자형 간 상호작용)를 검정하려면, 설계 행렬의 계수를 서로 대비해야 합니다.

지침

100 XP

도옥소루비신 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset과 설계 행렬 design이 작업 공간에 로드되어 있습니다. limma 패키지도 이미 로드되어 있어요.

  • 야생형 생쥐에서 도옥소루비신의 효과를 검정하기 위해 dox_wt를 만드세요.

  • Top2b 결손 생쥐에서 도옥소루비신의 효과를 검정하기 위해 dox_top2b를 만드세요.

  • 두 생쥐 집단 간 도옥소루비신 반응 차이를 검정하기 위한 상호작용 항을 만드세요(힌트: dox_top2b와 dox_wt를 대비하세요).