대비(contrasts) 행렬

야생형과 Top2b 결손 생쥐의 심장에서 도옥소루비신(doxorubicin)의 효과(그리고 처리와 유전자형 간 상호작용)를 검정하려면, 설계 행렬의 계수를 서로 대비해야 합니다.

이 연습은 강의의 일부입니다

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

강의 보기

연습 안내

도옥소루비신 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset과 설계 행렬 design이 작업 공간에 로드되어 있습니다. limma 패키지도 이미 로드되어 있어요.

야생형 생쥐에서 도옥소루비신의 효과를 검정하기 위해 dox_wt를 만드세요.
Top2b 결손 생쥐에서 도옥소루비신의 효과를 검정하기 위해 dox_top2b를 만드세요.
두 생쥐 집단 간 도옥소루비신 반응 차이를 검정하기 위한 상호작용 항을 만드세요(힌트: dox_top2b와 dox_wt를 대비하세요).

실습형 인터랙티브 연습

이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

코드 편집 및 실행