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이 연습은 강의의 일부입니다
먼저 차등 발현 분석의 목표를 살펴보고, R과 Bioconductor로 유전자 발현 데이터를 관리하며, limma로 첫 차등 발현 분석을 실행해 봅니다.
이 장에서는 일반적인 실험 설계에서 차등 발현을 검정하기 위한 선형 모델을 구성하는 방법을 배웁니다.
차등 발현 검정을 학습하셨다면, 이제 특징(feature) 데이터를 정규화하고 필터링하는 방법, 기술적 배치 효과를 점검하는 방법, 그리고 결과를 평가하는 방법을 배웁니다.
마지막 장에서는 요인 설계를 사용해 항암제 독소루비신이 서로 다른 유전적 배경을 가진 생쥐의 심장에 미치는 영향을 평가한 연구를 대상으로, 시작부터 끝까지 차등 발현 분석을 수행해 봅니다.
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