두 집단을 비교하는 선형 모형 지정하기
백혈병 실험에서 차등 발현 유전자를 찾으려면, 아래 선형 모형을 R로 옮겨야 해요:
여기서 $X_{1}$은 진행성 암이면 1, 안정형 암이면 0이에요(참고: R은 알파벳 순으로 자동으로 기준 조건을 선택합니다).
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
연습 안내
백혈병 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset이 워크스페이스에 로드되어 있어요.
model.matrix를 사용해 절편 계수와 질병 상태를 나타내는 계수를 포함한 설계 행렬을 만드세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)