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  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
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그룹 평균에 대한 차등 발현 검정

이제 설계 행렬과 대비 행렬을 지정했으니, 차등 발현을 검정해 보세요.

Instruktioner

100 XP

백혈병 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset, 설계 행렬(design), 대비 행렬(cm)이 작업 공간에 로드되어 있습니다.

  • lmFit으로 모형 계수를 적합하세요.

  • contrasts.fit으로 대비를 적합하세요.

  • eBayes로 t-통계량을 계산하세요.

  • decideTests로 결과를 요약하세요. 그룹 평균 모형에는 절편항이 없으므로, 처리 대비 매개화 때처럼 fit2를 부분 선택할 필요가 없습니다.