KEGG 경로
차등 발현 결과를 해석하기 위해 자주 사용하는 기법 중 하나는 알려진 유전자 집합에서의 농축 여부를 검사하는 것입니다. KEGG 데이터베이스에는 동일한 생물학적 경로에서 상호작용하는 것으로 알려진 유전자들이 엄선되어 있습니다. 백혈병 연구에서 차등 발현된 유전자들에 과대표현된 KEGG 경로는 무엇인가요?
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
연습 안내
2장에서 다룬 백혈병 연구의 적합된 모형 객체 fit2가 작업 공간에 로드되어 있습니다. limma 패키지는 이미 로드되어 있어요.
데이터 프레임
fit2$genes에서 Entrez Gene ID를 추출하세요.kegga로 KEGG 경로의 농축을 검사하세요. 종은 Homo sapiens이므로"Hs"로 설정하세요.topKEGG로 농축된 상위 20개 KEGG 경로를 확인하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)