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  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
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연습 문제

p-값 히스토그램

진단용으로 유용한 그래프 중 하나가 p-값의 히스토그램입니다. 낮은 p-값이 많이 몰려 있으면 차등 발현 유전자가 많다는 뜻이고, 히스토그램이 균등하게 분포하면 거의 없다는 뜻이에요. 백혈병 연구 데이터에 대해 p-값 히스토그램을 만들어 보세요.

지침

100 XP

2장 백혈병 연구의 적합된 모형 객체 fit2가 작업 공간에 로드되어 있습니다. limma 패키지는 이미 로드되어 있어요.

  • 모든 유전자에 대한 요약 통계를 얻기 위해 topTable을 사용하세요.

  • 모든 유전자 결과를 얻으려면, 인자 number를 fit2의 행 개수로 설정하세요.

  • 유의수준으로 결과 정렬을 비활성화하려면, 인자 sort.by를 "none"으로 설정하세요.

  • hist를 사용해 p-값의 히스토그램을 생성하세요.