Gene ontology 범주
이전 연습 문제에서는 생물학적 경로의 풍부화를 검정했어요. 이제는 동일한 생물학적 과정에 관여하는 것으로 알려진 유전자 집합, 즉 gene ontology(GO) 범주의 풍부화를 검정해 보겠습니다. 백혈병 연구에서 차등 발현된 유전자들에 과대표현(over-representation)된 GO 범주는 무엇인가요?
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
연습 안내
2장 백혈병 연구의 적합된 모델 객체 fit2가 작업 공간에 로드되어 있어요. limma 패키지도 이미 로드되어 있습니다.
데이터 프레임
fit2$genes에서 entrez Gene ID를 추출하세요.goana로 풍부한 GO 범주를 검정하세요. 종은 Homo sapiens에 대해"Hs"로 설정하세요.topGO로 상위 20개의 풍부한 GO 범주를 확인하세요. Biological Processes를 반환하려면ontology인수를"BP"로 설정하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)
# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)