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  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
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演習

Gene ontology 범주

이전 연습 문제에서는 생물학적 경로의 풍부화를 검정했어요. 이제는 동일한 생물학적 과정에 관여하는 것으로 알려진 유전자 집합, 즉 gene ontology(GO) 범주의 풍부화를 검정해 보겠습니다. 백혈병 연구에서 차등 발현된 유전자들에 과대표현(over-representation)된 GO 범주는 무엇인가요?

指示

100 XP

2장 백혈병 연구의 적합된 모델 객체 fit2가 작업 공간에 로드되어 있어요. limma 패키지도 이미 로드되어 있습니다.

  • 데이터 프레임 fit2$genes에서 entrez Gene ID를 추출하세요.

  • goana로 풍부한 GO 범주를 검정하세요. 종은 Homo sapiens에 대해 "Hs"로 설정하세요.

  • topGO로 상위 20개의 풍부한 GO 범주를 확인하세요. Biological Processes를 반환하려면 ontology 인수를 "BP"로 설정하세요.