볼케이노 플롯
이번에는 각 대비(contrast)에 대해 차등 발현 정도를 볼케이노 플롯으로 시각화해 볼 거예요. y축에는 차등 발현의 로그 오즈(log-odds), x축에는 로그 폴드 변화(log fold change)를 표시합니다.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
연습 안내
적합된 모델 객체 fit2가 작업 공간에 로드되어 있어요. limma 패키지도 이미 로드되어 있습니다.
데이터 프레임
fit2$genes에서 유전자 기호(symbol)에 접근하세요.3개의 대비 각각에 대해 상위 5개 유전자를 강조 표시하는 볼케이노 플롯을 만드세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)