1. Учиться
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
Connected

Exercise

배치 효과 제거하기

이전 연습 문제에서 배치 효과가 처치 효과보다 변동성에 더 큰 영향을 미친다는 것을 확인했어요. 다행히 후각 줄기세포 연구는 완벽하게 균형 잡힌 설계였고, 즉 각 처치가 4개의 모든 배치에 포함되어 있었어요. 따라서 배치 처리로 인해 생긴 변동을 제거하여 신호 대 잡음비를 높일 수 있어요.

Инструкции

100 XP

후각 줄기세포 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset이 작업 공간에 로드되어 있어요.

  • removeBatchEffect를 사용해 데이터에서 4개 배치의 효과를 제거하세요.
  • plotMDS로 주성분을 시각화하세요. 받은 처치로 샘플에 레이블을 지정하세요.
  • 샘플을 배치로 레이블링하여 주성분을 다시 시각화하세요.