배치 효과 제거하기
이전 연습 문제에서 배치 효과가 처치 효과보다 변동성에 더 큰 영향을 미친다는 것을 확인했어요. 다행히 후각 줄기세포 연구는 완벽하게 균형 잡힌 설계였고, 즉 각 처치가 4개의 모든 배치에 포함되어 있었어요. 따라서 배치 처리로 인해 생긴 변동을 제거하여 신호 대 잡음비를 높일 수 있어요.
이 연습은 강의의 일부입니다
R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
연습 안내
후각 줄기세포 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset이 작업 공간에 로드되어 있어요.
removeBatchEffect를 사용해 데이터에서 4개 배치의 효과를 제거하세요.plotMDS로 주성분을 시각화하세요. 받은 처치로 샘플에 레이블을 지정하세요.- 샘플을 배치로 레이블링하여 주성분을 다시 시각화하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Load package
library(limma)
# Remove the batch effect
exprs(eset) <- ___(eset, batch = ___)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)