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  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
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연습 문제

두 그룹 간 차등 발현 검정

이제 ExpressionSet 객체와 디자인 행렬이 준비되었으니, limma로 모델을 적합하고 검정해 보겠습니다.

지침

100 XP

백혈병 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset과 방금 만든 디자인 행렬(design)이 작업 공간에 로드되어 있습니다.

  • lmFit으로 모델 계수를 적합하세요.

  • eBayes로 t-통계량을 계산하세요.

  • decideTests로 결과를 요약하세요.

  • 절편 항을 검정하는 것은 의미가 없으므로, decideTests를 실행할 때 계수 "Diseasestable"을(를) 지정하세요.