1. 학습
    2. /
  2. 강의
    3. /
  3. R에서 limma로 하는 차등 발현 분석
Connected

연습 문제

변이 원인 확인하기

이제 주성분 분석을 사용해 데이터의 변이 원인을 확인해야 해요. 샘플들이 유전형(WT vs. Top2b null)과 처치(PBS vs. Dox)에 따라 군집을 이루나요?

지침

100 XP

도소루비신 데이터가 포함된 ExpressionSet 객체 eset이 워크스페이스에 로드되어 있어요. limma 패키지도 이미 로드되어 있습니다.

  • plotMDS로 주성분을 시각화하세요. 샘플 라벨은 유전형으로 표시하세요.

  • 샘플 라벨을 처치로 바꿔 주성분을 다시 시각화하세요.