그룹 평균을 위한 대비 행렬

그룹 평균 매개화(group-means parametrization)를 사용하므로, 이제 limma 파이프라인에 추가 단계가 생겼어요. 이제 계수는 두 그룹 각각의 평균 발현 수준을 나타내므로, 진행성(progressive)과 안정성(stable) 백혈병 간의 차이를 검정하려면 사용자 정의 대비를 지정해야 해요.

이 연습은 강의의 일부입니다

R에서 limma로 하는 차등 발현 분석

강의 보기

연습 안내

백혈병 데이터가 담긴 ExpressionSet 객체 eset과 방금 생성한 설계 행렬(design)이 작업 공간에 로드되어 있어요.

makeContrasts를 사용해 대비 status를 정의하세요. 이 대비는 진행성 암과 안정성 암 사이의 평균 발현 수준 차이를 의미해요.
설계 행렬 design을 인수 levels에 전달하세요. 이렇게 하면 design의 열 이름(계수에 해당)이 대비 정의에 그대로 사용될 수 있어요.

실습형 인터랙티브 연습

이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

코드 편집 및 실행